Руководитель — А.А. Астахова (СУНЦ МГУ)
Целью работы было проанализировать участие иммунных клеток различных типов в биологии глиом. Были поставлены следующие задачи:
1) Проверить изменение экспрессии ключевых маркеров иммунных клеток в группах опухолей разных классов
2) Проанализировать взаимосвязь между уровнями экспрессии маркеров иммунных клеток и генов, продукты которых вовлечены в воспалительный ответ
3) Проанализировать корреляцию между уровнями экспрессии маркеров и продолжительностью жизни пациентов.
Для анализа были взяты основные маркеры иммунокомпетентных клеток. Данные об официальном названии и идентификационном номере для генов взяты из базы Gene. Для анализа был использован массив, включающий данные об уровнях экспрессии 17528 генов у 283 пациентов, полученных с помощью ДНК-микрочипов компании Affymetrix (массив с данными о полногеномной экспрессии GSE16011). Указанный массив в форме, подготовленной к анализу Ивлиевым А.Е. в соответствии с описанием, приведенным в работе [Ivliev et al., 2010] был загружен с ресурса [http://lipidomics.ru/?page_id=20]. Анализ данных проводилась с помощью программы Multiple Experiment Viewer (МeV, TM4, версия 4.7). Анализ корреляции между профилями экспрессии генов проводился в среде для статистической обработки данных R. Подсчет проводился непараметрическим методом для выявления связи между двумя количественными рядами — коэффициентом корреляции Спирмена. Анализ функционального обогащения групп генов, обнаруженных в ходе анализа проводился с помощью интернет-ресурса DAVID.
Полученные нами результаты позволяют сделать следующие выводы:
- В глиомах происходит изменение экспрессии маркеров иммуннокомпетентных клеток миелоидного и лимфоидного происхождения. При этом, группы с благоприятным прогнозом отличаются от групп с плохим прогнозом меньшим числом генов, изменивших экспрессию. По мере ухудшения прогноза наблюдается усиление изменения экспрессии многих маркеров.
- Изменение экспрессии маркеров иммуннокомпетентных клеток связано с активацией путей врожденного и приобретенного иммунитета. Таким образом, полученные данные свидетельствуют об инвазии и активации иммуннокомпетентных клеток в опухолевые очаги. Преимущественно, Т-клеток и моноцитов.
- Отдельно взятые маркеры иммунокомпетентных клеток не показывают высоко достоверных корреляций с прогнозом, что подразумевает необходимость анализа на уровне групп генов.