Руководитель: Владимир Константинович Аржаник (ФББ МГУ)
Координатор от СУНЦ МГУ: О.В.Колясников
Цель работы: выявить закономерности связывания малых положительно-заряженных антигенов с антителами.
Задачи:
- Выбрать группы антигенов, необходимых для изучения;
- Описать взаимодействие с аминокислотами антитела, систематизировать данные;
- Выявить закономерности связывания антигенов данного типа с антителами.
Методы:
- Поиск по базе данных SAbDab
- Визуализация биомолекул
- Корреляционный анализ
Результаты:
• «+»-заряженные группы малых лигандов взаимодействуют с антителом через «-»– заряженные аминокислоты (глутаминовая и аспарагиновая кислоты)
- Позиции, связывающие заряженные группы антигена, расположены как на гипервариабельных, так и на каркасных участках
- Двойной пи-стэкинг, по-видимому, является более выгодным способом связывания антигена с антителом, чем электростатическое взаимодействие
- При наличии в антигене с «+»-заряженной группой «-»-заряженных групп, в формировании электростатического взаимодействия «+»-заряженная группа может не участвовать, если участвует «-» — заряженная.
По материалам работы подготовлены выступления на конференциях:
«XVI Колмогоровские чтения» (май 2016, Москва): «Взаимодействие антител с положительно заряженными малыми антигенами»