Научный руководитель: Нуждина Екатерина Олеговна, OOO “Бостонджин”, биоинформатик

б4 Денисов

Меланома — наиболее агрессивный тип рака кожи, активно рецидивирующий и метастазирующий почти во все органы. Помимо этого, меланома характеризуется резистентностью к стандартной цитостатической терапии, поэтому 5-летняя выживаемость больных с метастатическим процессом не превышает 10-15%. Индивидуальный риск развития меланомы у европеоидного населения развитых стран может достигать 2%.

Наиболее перспективными и безопасными для лечения меланомы на сегодня являются иммунотерапия и направленная («таргетная») терапии. Повышению выживаемости будет способствовать прием пациентами препаратов, направленных на инактивацию белков, мутации в которых с большой вероятностью приводят к летальному исходу. Для решения этой задачи также необходимо решить проблему диагностики формы рака – отнесения пациента к определенной группе с четко обозначенными механизмами патогенеза. Целью исследования был поиск мутаций, которые приводят к быстрой гибели пациентов и могли бы служить диагностическими маркерами для надежного выявления формы заболевания и/или являлись бы эффективными мишенями новых противоопухолевых терапий.

В работе были использованы языки программирования Python 3.5 и R 3.4.4. В случае с Python3.5 была использована сторонняя библиотека Pandas, а в случае с R – maftools. Были использованы данные по мутациям и пациентам, предоставленными открытым проектом TCGA (The Cancer Genome Atlas).

Было найдено 5 белков, и в каждом из них по одной точечной мутации, 2 из которых приводят к быстрой смерти пациента; было проанализировано, где именно происходят изменения в аминокислотной последовательности белка. А именно: S3L в ZNF99 (интересно заметить, что данная мутация не затрагивает функциональных доменов белка); E620K в MAGEC1 (также не входит в функциональный домен) — эти мутации приводят к сильному сокращению среднего времени жизни больного. S202L в IL37 (внутри домена), S215F в OR5B17 (внутри домена) и R264C в PPP6C (также внутри домена) — повышают среднюю продолжительность жизни пациента. Данные, полученные в ходе исследования, могут быть использованы в клинических целях, а также для анализа строения и функций белков, их роли в клетках.

Список цитируемой литературы

  1. Ascierto et al.; The role of BRAF V600 mutation in melanoma; Journal of Translational Medicine 2012, 10:85
  2. Fernandez-Medarde, A. Santos, Eugenio; Ras in Cancer and Developmental Diseases; Genes & Cancer: 2011, volume 2, issue 3, p344-358
  3. Akbani, K.Akdemir, B.Askoy et al;Cell 161, 1681–1696; p 1685
  4. Kiuru, K. Busam; The NF1 gene in tumor syndromes and melanoma;Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology: vol 97, issue 2, p 146-157
  5. Buchbinder, Elizabeth I; Desai, Anupam; American Journal of Clinical Oncology: February 2016 — Volume 39 — Issue 1 — p 98–106.