Антитела – белки с четвертичной структурой, осуществляющие реакции гуморального иммунитета. Начало изучения антител было положено в XIX веке Ландштейнером. В первой половине XX века была определена их белковая природа. Связывание антител с антигенами определяется структурой антигенсвязывающих петель (CDR). Наибольшую роль играет при этом CDR H3.
В ходе данной работы был проведён анализ ориентации боковых цепей ароматических остатков в позиции 100А в контексте моделирования антител.
При визуализации было выявлено два кластера: в большом кластере остатки в позиции 100A направлены в направлении поверхности глобулы антитела, остатки же в малом кластере преимущественно направлены внутрь белка, за исключением отдельно описанных случаев. Также при анализе структур, входящих в кластеры, было найдено объяснение распределению по типам остатка в данной позиции. Было также обнаружено соответствие направления аминокислотного остатка в позиции 100В направлению остатка в позиции 100А.
Полученные результаты могут быть использованы для дальнейшего повышения аккуратности моделирования пространственной структуры антител.